根據自然出版集團最新發布的自然指數，中國科研機構對全球科學的貢獻近年來顯著增加，其中中科院“加權分值計數法”(簡稱WFC)指數在全球科研機構中名列第一。

　　WFC 指數是自然出版集團邀請一批國際一流科學家長時間研究創立的。按照該指數計算，中科院2013年發表的高質量科學論文總分為1209.46分，比排在第二名的美國哈佛大學高357.34分，比德國馬普學會高480.82分，比法國科研中心高488.84分，在全球科研機構中名列第一。尤其是在化學、物理學、地球和環境科學領域，中科院雄踞榜首;在生命科學領域，中科院位居第四位，排在哈佛大學、美國國立衛生院和斯坦福大學之后，在法國科研中心和德國馬普學會之前。

　　此外，2013年，中科院在68家全球公認質量最優的科學期刊(包括《自然》《科學》《細胞》等期刊)上發表的高質量科學論文數為2661篇，在全球科研機構排名中位列第三，僅次于美國和歐盟，占全球14%以上。而在20世紀80年代，這一比例不足1%。

　　中科院在《自然》和《科學》這兩個世界頂級科學期刊上發表科學論文的數量增長迅速，較上一年增加近2倍。